Velika većina stručnjaka slaže se da je padu zrakoplova - u kojem je Prigožin putovao s još petoricom važnih zapovjednika privatne ruske vojske Wagner, među kojima je i prvi osnivač Dmitrij Utkin, po čijem je nadimku i nacističkim preferencijama skupina i dobila ime Wagner - koji se tada nalazio na visini od preko osam kilometara, prethodila eksplozija. Svakako je i enigma, zašto je, u ovakvoj situaciji u kakvoj se nalazio Prigožin, toliko najvažnijih ljudi Wagnera bilo u istom zrakoplovu!? To je svakako misterij na koji će se s vremenom dobiti (ne)suvisli odgovor!
No, postoji ključna dilema: je li se eksplozija dogodila unutar zrakoplova ili izvan njega - odnosno je li ga pogodio projektil iz nekog od ruskih protuzračnih sustava - S 400 ili Buk (podsjetimo, sustavom Buk srušen je malezijski putnički zrakoplov iznad Donjecka 2014, godine, kada je poginulo 298 putnika i članova posade, a za što su u odsustvu osuđeni ruski separatistički pobunjenici u Ukrajini).
Predstavnici ruske Federalne agencije za zračni promet, prema portalu Meduza, smatraju da je avion "dignut u zrak" postavljenim eksplozivom unutar kabine - odnosno da nije oboren. Postoje argumenti protiv ove verzije: Na jednom od videa, koji je dostupan javnosti, vidljiv je "oblak" koji nalikuje tragu protuavionske rakete.
Očevici nesreće navode da su čuli "dvije eksplozije koje su prethodile padu". Lansiranje dvaju projektila protuzračne obrane na isti cilj standardna je praksa koja povećava vjerojatnost pogotka cilja, navodi Meduzin vojni analitičar.
Osim toga, na nekim ostacima letjelice vidljivi su tragovi, slični rupama od "udarnih elemenata bojeve glave protuzračnog projektila". Ali na olupini koja je pala odvojeno od letjelice nema nikakvih tragova.
Postoji i argumenti koji idu u prilog eksplozije unutra zrakoplova.
Naime, prema platformi Flightradar24, zrakoplov se popeo na visinu od 28.000 stopa, što je više od 8,5 kilometara, prije nego što se srušio. Prema vojnim analitičarima, ne mogu svi raketni sustavi protuzračne obrane biti tako efikasni da obore zrakoplov na takvoj visini. Meduza, navodi da se mogu odbaciti verzije "s prijenosnim protuzračnim raketnim sustavima" (koje bi teoretski mogli koristiti i diverzanti), pa čak i sa svim sustavima protuzračne obrane kratkog dometa. No, za to je potreban, najmanje, kompleks srednjeg dometa (recimo - Buk) koji bi trebao biti smješten blizu rute leta. Ali projektili takvih sustava nanijeli bi mnogo ozbiljniju štetu zrakoplovu nego što se vidi na snimkama. U slučaju pogotka bojeve glave od 70 kg, zrakoplov te veličine "teško da bi pao u jednom komadu". Koja je od ovih verzija logičnija ili točnija, pokazat će istraga ili ćemo o tome doznati tek nakon duljeg perioda, ali uzrok eksplozije ima političke implikacije.
Naime, ako je zrakoplov oboren protuzračnom raketom, moći će se nedvosmisleno govoriti o umiješanosti ruskih snaga sigurnosti u sam slučaj, kao i o "odgovornosti" samog Putina, ali ako je do eksplozije došlo unutra aviona, to dopušta gotovo sve verzije i pitanje tko je mogao postaviti eksploziv (netko vrlo blizak Prigožinu). Međutim, kako kaže Meduza, ni to ne isključuje da su u sve upletene ruske sigurnosne službe.
Telegram kanal blizak Wagneru VČK OGPU tvrdi pak kako se pojavio i prvi osumnjičeni za "pad aviona" Jevgenija Prigožina. To je, prema njima Prigožinov osobni pilot i bivši osnivač tvrtke čiji je zrakoplov bio - MNT Aero - Artjom Stepanov. Prema VČK OGPU, Stepanov je imao pristup avionu, a, navodno, je policija već počela potragu za njim. Portal navodi da je Stepanov otputovao na Kamčatku prije nekoliko dana, a prema riječima njegovog brata, Stepanov je tamo na "kampiranju i s njim nema komunikaciju zbog loših signala".