Lagan je i tek nešto veći od upaljača pa može stati u džep. MinION, najmanji uređaj za čitanje DNK na svijetu, nova je revolucija u znanosti. Uređaj je proizvela tvrtka Oxford Nanopore Technologies koja ga je nedavno predstavila na znanstvenoj konferenciji u Londonu. Odabranim sudionicima konferencije, među kojima su bili i hrvatski znanstvenici dr. Kristian Vlahoviček i dr. Mile Šikić, tvrtka je zatim dodijelila uređaje kako bi sudjelovali u testiranju nove tehnologije.
- MinION ili nanopor jest uređaj za sekvenciranje četvrte generacije. Na njegovu razvoju radi se već 10 godina i mislilo se da još dugo neće zaživjeti. No, u Oxford Nanopore Technologies su uspjeli i pred nama je prava revolucija u medicinskim istraživanjima, dijagnostici, industriji hrane itd. - rekao je prof. Kristian Vlahoviček s Prirodoslovno-matematičkog fakulteta (PMF).
Isproban u Gvineji
Istaknuo je kako su u Londonu predstavljene prve studije u kojima je korišten nanopor. - Na konferenciji su govorili epidemiolozi koji su bili u Gvineji u potrazi za virusom ebole, a nosili su ove male sekvenatore. Uzevši uzorke tkiva od pacijenata, mogli su na terenu točno odrediti sekvencu virusa ebole i znati kako se virus kretao i gdje je mutirao. To je dosad bilo nemoguće jer su se uzorci slali u laboratorije u Europi gdje su sekvencirani pomoću postojećih uređaja teških oko 250 kilograma - pojasnio je Vlahoviček. Naglasio je kako su u Londonu govorili i talijanski znanstvenici sa Sveučilišta Torino koji su uz pomoć nanopora u amazonskoj prašumi otkrili nove biljne i životinjske vrste.
Prema ugovoru koji su sklopili s Oxford Nanopore Technologies, Vlahoviček i Šikić uređaje su dobili “na kauciju” po cijeni od oko 1000 eura. MinION će dijelom koristiti za vlastita znanstvena istraživanja, a dijelom će se posvetiti sekvenciranju standardnih uzoraka koje dobiju iz Oxford Nanopore Tecnologies kako bi u tvrtki mogli pratiti “ponašanje” uređaja na terenu.
Testiranje točnosti
- Jedva čekamo da stigne ovih dana i dodatna oprema tako da možemo početi testirati točnost ovih novih uređaja. U ovom trenutku smo prvenstveno zainteresirani za izradu algoritama koji će raditi s podacima koje ovi uređaji omogućuju, a u daljnjim koracima bi željeli osmisliti način kako od ovoga uređaja napraviti dijagnostički uređaj - rekao je Mile Šikić, izvanredni profesor na Fakultetu elektrotehnike i računarstva (FER) u Zagrebu.
Spajanje na mobitel
- Ako su karakteristike uređaja samo dijelom onakve kakvima ga je predstavio proizvođač, ovo će predstavljati revoluciju. Dodatno, valja napomenuti da tvrtka Oxford Nanopore trenutno radi na dodacima sličnih dimenzija koji bi zamijenili laboratorijski rad koji je sada još uvijek potreban za pripremu uzoraka - dodao je Šikić i osvrnuo se na mogućnosti koje pruža.
- Zamislite da imate prijenosni uređaj koji možete povezati s mobitelom kao računalom i u kratkom vremenu dobiti genetski materijal svega oko vas.
Upotreba MinION-a
Možete ga koristiti za otkrivanje uzročnika bolesti, provjeru kvalitete hrane i vode i još mnogo toga što u ovom trenutku ne možemo ni zamisliti. Ovakav uređaj može za sekvenciranje biti ono što je iPhone bio za mobilni pristup internetu, a možda i puno puno više - zaključio je Šikić.
U 30 godina cijena pada s tri milijarde na 250 dolara
Kad je 1989. godine pokrenut projekt Ljudski genom, bilo je procijenjeno da će cijena sekvenciranja genoma biti tri milijarde dolara. No, napredak tehnologije doveo je do toga da je 2003. godine, kada je projekt službeno završen, cijena sekvenciranja genoma iznosila 500 milijuna dolara. U ljeto 2007. godine cijena sekvenciranja bila je oko milijun dolara. Sada je cijena sekvenciranja cijelog genoma pomoću uređaja treće generacije iznosi oko 5000 dolara.
- MinION je još u fazi testiranja, dakle ne može se kupiti na tržištu. No, predviđa se da će do kraja godine za potpuno sekvenciranje genoma čovjeka biti potrebno 250 dolara te 10 do 15 sati rada na ovako malom uređaju koji možete spremiti u džep i nositi ga gdje hoćete jer se spaja na prijenosno računalo. U nekoj budućnosti ovakvi uređaji mogli bi se nositi poput narukvica i mogli bi direktno sekvencirati DNK - naglasio je Kristian Vlahoviček.
Za sudjelovanje u komentarima je potrebna prijava, odnosno registracija ako još nemaš korisnički profil....